In het geval van een voedselallergie reageert het afweersysteem met de aanmaak van verkeerd gerichte antistoffen tegen één of meerdere eiwitten aanwezig in dit voedingsmiddel.

Een allergie voor gezuiverde vetten, oliën of suikers in de voeding bestaat dan ook niet. Deze specifieke allergische antistoffen kunnen aangetoond worden met een allergie test. De eiwitten waar de patiënt allergisch op kan reageren worden allergenen genoemd. In bijvoorbeeld een pinda bevinden zich honderden eiwitten maar voor slechts een tiental in pinda is aangetoond dat men er allergisch op kan reageren. Het is nog niet goed bekend waarom het ene eiwit in een voedingsmiddel wel en het andere niet een allergeen is. Sommige allergenen zijn niet stabiel, dat wil zeggen ze gaan kapot door vertering of verhitting. Als antistoffen binden met deze niet stabiele allergenen dan veroorzaken ze lang niet bij iedereen klachten. Ontstaan er wel klachten dan betreft het vaak milde klachten van jeuk, prikkeling en soms wat zwelling in de mond en keelholte.

Bij de behandeling van een voedselallergie moeten de voedingsmiddelen waarop gereageerd is, uit het dieet weggelaten worden.

Betreft het een koemelkallergie bij een zuigeling die borstvoeding krijgt, dan moet de moeder tijdens de borstvoedingsperiode een koemelkvrij dieet volgen. Indien borstvoeding niet mogelijk of niet wenselijk is, wordt hypoallergene zuigelingenvoeding voorgeschreven. Bij oudere kinderen en volwassenen is het voedingspatroon vaak heel uitgebreid en wordt het dieet in het begin vaak als lastig en soms streng ervaren.

Noodmedicatie
Antihistaminica verminderen de klachten die het gevolg zijn van het vrijgekomen histamine. Als iemand een milde voedsel allergische reactie ontwikkelt, kan dit medicijn ingenomen worden om deze allergische klachten te remmen. In principe wordt dit medicijn niet gebruikt om een voedsel allergische reactie te voorkomen.